בדרך כלל לא מומלץ להשתמש בסאונה כאשר יש לך חום. הטמפרטורה הגבוהה של סאונה עלולה להעמיס על הגוף, ולהוביל להתייבשות או לעלייה נוספת בטמפרטורת הגוף, מה שמזיק להתאוששות.
חום הוא תגובת ההגנה של הגוף מפני זיהום, ובמהלך תקופה זו, מערכת החום של הגוף נמצאת במצב רגיש. הטמפרטורה בתוך סאונה יכולה להגיע ל-60-80 מעלות. טמפרטורות גבוהות מאיצות את זרימת הדם וקצב חילוף החומרים, ועלולה להחמיר את התגובות הדלקתיות הקיימות. הזעת יתר עלולה להוביל לחוסר איזון אלקטרוליטים, במיוחד כשהיא מלווה בהקאות או שלשולים. חום הנגרם על ידי כמה זיהומים ויראליים יכול גם להגביר לחץ שריר הלב עקב הטמפרטורה הגבוהה.
במקרים נדירים, אנשים עם חום-נמוך וללא מצבים רפואיים בסיסיים עשויים לחוות נוחות לאחר סשן סאונה קצר. הסיבה לכך היא שסאונות מרחיבות נקבוביות ומקלות זמנית על כאבי שרירים. עם זאת, יש להגביל מפגשים אלה ל-10 דקות או פחות, ויש למלא נוזלים המכילים אלקטרוליטים באופן מיידי. יש להימנע לחלוטין מסאונות אם טמפרטורת הגוף עולה על 38 מעלות או אם יש מצבים רפואיים בסיסיים כמו מחלות לב וכלי דם או מחלת כליות כרונית.
בזמן חום מומלץ להשתמש בשיטות קירור פיזיות כמו ספוגי מים חמימים ולשמור על צריכת נוזלים יומית של 2,000-3,000 מ"ל. אם טמפרטורת הגוף נמשכת מעל 39 מעלות או מלווה בתסמינים כגון בלבול או פרכוסים, פנה מיד לטיפול רפואי. המתן לפחות 48 שעות לאחר ירידת החום לפני השימוש בסאונה, והמפגש הראשוני לא יעלה על 5 דקות.